卟啉環(huán)以四個(gè)配價(jià)鍵與鐵原子相連，形成四配位體螯合的絡(luò)合物，一般稱(chēng)為血紅素。根據(jù)血紅素輔基的不同結(jié)構(gòu),可將細(xì)胞色素分為a、b、c和d類(lèi)。b類(lèi)細(xì)胞色素的輔基是原血紅素即鐵-原卟啉Ⅸ。卟啉環(huán)上的側(cè)鏈取代基為4 個(gè)甲基,兩個(gè)乙烯基和兩個(gè)丙酸基與血紅蛋白、肌紅蛋白輔基的結(jié)構(gòu)相同。

 

　　a類(lèi)細(xì)胞色素輔基的結(jié)構(gòu)是血紅素A,它與原血紅素的不同是在于卟啉環(huán)的第八位上以甲?；婕谆?，第二位上以羥代法呢烯基代替乙烯基。

 

　　d類(lèi)細(xì)胞色素僅在細(xì)菌中發(fā)現(xiàn),它的輔基為鐵二氫卟啉,與其他細(xì)胞色素不同。

 

　　c類(lèi)細(xì)胞色素的輔基是血紅素以其卟啉環(huán)上的乙烯基與蛋白質(zhì)分子中的半胱氨酸巰基相加成的硫醚鍵共價(jià)結(jié)合。其他各類(lèi)細(xì)胞色素的輔基都是以非共價(jià)鍵與蛋白相結(jié)合。還原狀態(tài)的細(xì)胞色素在可見(jiàn)光區(qū)具有特征性的光吸收帶：α帶、β帶、γ帶(或稱(chēng)吸收帶)。通常a類(lèi)細(xì)胞色素的α吸收帶位于598～605納米；b類(lèi)的大α吸收帶在556～564納米;c類(lèi)在550～555納米；d類(lèi)為600～620納米之間。